結論、Excelで改行を一括置換する時は、「検索する文字列」でCtrl+J
（ただしWindows版のみ？）
使ったタイミング
kintoneで文字列（複数行）フィールドが絞り込み条件に使えないことに気づき、文字列（1行）フィールドを作ってcsvでデータ移行する際に使いました。
まず一括置換をショートカット「Ctrl+H」で開いて「検索する文字列」にカーソルがある状態でCtrl+Jを押すと、何も起こっていないように見えつつ、改行が指定されます。
あとは一括置換を実行すれば、セル内で設定された改行が無くなります。
ただし、Mac版のExcelではできないっぽいです・・・